经济合作社与村委会的关系如下：
1、农村股份经济合作社与村委会都在村党组织领导下，各司其职、协调配合开展工作。村委会应当尊重经济合作社依法开展经济活动；经济合作社应当支持和配合村委会工作，参与农村社区建设，为农村社区事业发展提供物质和经费支持。
2、农村股份经济合作社应正确处理国家、集体、个人之间的关系，实行同股同利，搞好收益分配，并要建立健全经营目标责任制和相应的激励约束机制。
农村股份经济合作社是什么意思：
1、农村股份经济合作社，是以资产为纽带、股东为成员的综合性（社区性）农村集体经济组织，由乡镇（街道）原村经济合作社根据社员代表大会讨论决定，将集体经营性净资产折股量化改制而成。它不同于一般农民合作社的农村集体资产经济组织，社员由具有农村集体经济组织成员身份的村民构成，以促进集体经济发展、保障社员利益为主要职能。
2、农村股份经济合作社受上级、和农村集体资产主管部门的指导和监督，并在法律法规和范围内开展经营活动，基本职能有生产生活服务、资产经营、资产管理、资产积累和收益分配等。
3、农村股份经济合作社坚持社会主义集体所有制，执行有关法律法规和，实行自主经营、核算、自负盈亏、民主管理、风险共担、按股分红。依法属于村股份经济合作社集体所有的各项资产（经营性资产、资源性资产和公益性资产等），均属于村股份经济合作社全体股东共同所有。
法律依据：
《村民委员会组织法》第四条 中国党在农村的基层组织，按照中国党章程进行工作，发挥领导核心作用，领导和支持村民委员会行使职权；依照和法律，支持和保障村民开展自治活动、直接行使民主权利。
